エチジウムブロマイド、ニトロソグアニジン、エチルメタンスルホン酸などの物質は強い発ガン性があり、こぼして放置すれば、例え微量であっても本人はもちろん、関係者全員を長期に渡って危険にさらすことになる。こぼした場合の検出が難しいため、アイソトープよりも危険だと考えるべきである（エチジウムブロマイドは紫外線を当てれば検出できる）。使用する場合は例えば以下のようにアイソトープと同様に（アイソトープ以上に）細心の注意が必要である。また、こぼした場合の対処方法や廃棄する場合の処理方法を熟知していなければならない。なお、使用する試薬、実験目的によって使用手順は異なるので、必ず教官の指導の元で実験を行うこと。

  1. 必ず手袋を着用する。決して素手で扱ってはならない。なお、使用した手袋は汚染しているものとして取扱い、手袋をしたまま不用意に物品に触ってはならない。
     
  2. 作業する実験台には十分な大きさのポリエチレンコートされた濾紙などをひく。
     
  3. 秤量の際は微量でもこぼさないように細心の注意を払う。
     
  4. もし微量でもこぼしたら教官に報告し、直ちに適正かつ十分な中和処理を行うこと。
     
  5. 試薬瓶は新しい透明な袋に入れて口を閉じて保管する。
     
  6. 試薬が入っていた古い袋は（8）に示す方法で廃棄する。
     
  7. 使用した全ての器具（試験管などの容器、チップ、薬さじ、薬包紙）について必ず中和処理を行うこと。
     
  8. 使用した手袋、下にひいた濾紙、試薬を入れていた袋などは人が（関係者だけでなく廃棄業者も含めて）触れることがないようにして廃棄する。例えば手袋をしたまま廃棄したい袋をつかみ、それを包み込むように裏返しに手袋を脱ぎ、口を縛る。さらにこれを別の袋に入れ、口を縛って廃棄する。この際、中にチップなどの先のとがった袋を破る可能性のある物を入れてはならない。チップ類は別途中和処理を行って廃棄する。

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